Наиболее частым осложнением являются кожные проявления в виде аллергических реакций. Описаны случаи геморрагических осложнений (увеличение кровоточивости).
Применение фенобарбитала во время беременности может приводить как к седативным проявлениям у новорожденного (сонливость, слабое сосание, мышечная слабость, вялость, заторможенность), так и к синдрому отмены (двигательное возбуждение, беспокойный сон, частый беспричинный плач) если по каким-либо причинам вскармливание грудным молоком прекращается.